パッケージを保持するだけならばいいのですが、問題は、M-x list-packages などを実行した時に、この値が init.el (まはた .emacs)の末尾に勝手に書き込まれてしまうことです。
init.el を常にクリーンに保っている身からするとこれは堪まりません。同じように思っている人が多いようで、この問題に対する対策が reddit Emacs で議論されています。
変数 custom-file を設定するとカスタム内容が書き込まれるファイルを指定することができるので、これを利用して、custom.el に書き込むようにします。そして起動時にこのファイルが存在すれば、それを読み込むことにします。
コードは以下になります。これを init.el に追加します。init.el に既に追加されてしまった変数は削除しておきましょう。
(setq custom-file (expand-file-name "custom.el" user-emacs-directory))
(when (file-exists-p custom-file)
(load custom-file))
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